W każdym poradniku dotyczącym japońskiego klasyka często występującym słowem jest "rdza". Czy w przypadku MR2 jest inaczej? Niestety nie. Ta w pierwszej kolejności atakuje tylne nadkola oraz progi, ale można ją znaleźć także w innych miejscach. Silnie skorodowana tylna część nadwozia jest niezwykle trudna do uratowania. Koniecznie trzeba obejrzeć wnętrze przedniego i tylnego bagażnika, a także podstawy słupków A i B. Inspekcję wnęki koła zapasowego powinien poprzedzić demontaż plastikowej osłony. Rozwinięta rdza stwierdzona podczas oględzin powinna skutecznie zniechęcić do zakupu danego egzemplarza. Wersje z dachem T-top często cierpią na przecieki wody do wnętrza. To akurat bardzo łatwo sprawdzić – wystarczy wybrać się na myjnię bezdotykową.

Nie każdemu kierowcy będzie wygodnie we wnętrzu MR2. Jest ono dość ciasne, a osobom o wzroście powyżej 190 cm może nie być zbyt komfortowo. Sytuację pogarsza odmiana targa, gdzie dach jest nieco niższy. Typową przypadłością są mocowania foteli łapiące luzy. Kiwające się na zakrętach siedziska są z pewnością denerwujące, a w pewnych okolicznościach wręcz niebezpieczne. Samochody eksploatowane w ciepłym klimacie mogą mieć zużyte i wypłowiałe daszki przeciwsłoneczne, a także popękaną deskę rozdzielczą. Ten drugi problem jest poważny, ponieważ znalezienie kokpitu w dobrym stanie jest niezwykle trudne. Nawet jeżeli test na myjni na pierwszy rzut oka wyszedł pozytywnie, nie bójmy się uchylić wykładziny podłogowej w poszukiwaniu dawnych przecieków. Układ elektryczny auta ma opinię trwałego i łatwego w ewentualnych naprawach. Mechanizmy sterujące przednimi lampami powinny działać sprawnie i szybko. Normalnym zjawiskiem jest nieco wolniejsze opuszczanie lamp niż ich podnoszenie. Wskaźnik paliwa w wielu MR2 jest bardzo nieprecyzyjny. Zazwyczaj po pełnym zatankowaniu pokazuje stan 3/4 baku.

Najmniejszy, 1,5-litrowy motor występował wyłącznie w autach oferowanych na rynku japońskim i praktycznie nie spotyka się go w Europie. Najpopularniejszy silnik 4A-GE to "znany temat", montowany do wielu innych modeli Toyoty. Jest dynamiczną i długowieczną jednostką, która jednak źle znosi zaniedbania eksploatacyjne. W MR2 Toyota zalecała wymianę oleju co 8000 km. To kluczowe dla utrzymania motoru w dobrej kondycji. Obroty biegu jałowego po rozruchu zimnego silnika są dość wysokie, bo dochodzą nawet do 2000. Ważne jest, by po chwili spadły do ok. 800. Plamy oleju pod autem nie są niczym zaskakującym. Do miejsc, z których najczęściej kapie olej, zaliczamy przewody prowadzące do chłodnicy oleju, pokrywę zaworów oraz uszczelniacze aparatu zapłonowego. Na szczęście silniki 4A-GE oraz doładowany kompresorem 4A-GZE są bezkolizyjne. Ewentualne zerwanie paska rozrządu nie powinno mieć innych konsekwencji poza przymusowym przerwaniem podróży. Ważne, by w odmianie doładowanej dbać o regularną wymianę oleju w kompresorze oraz wymianę paska jego napędu. Ślizgający się pasek będzie piszczał, może też brakować mocy w czasie przyspieszania. Wielu użytkownikom sen z powiek spędza przegrzewający się alternator. Z racji centralnie umieszczonego silnika jego chłodzenie w dużej mierze zależy od drożności kanałów powietrznych. Do MR2 montowano dwa rodzaje przekładni: pięciobiegowy manual i czterobiegowy automat. Druga z nich ogranicza osiągi i psuje przyjemność z jazdy, kompletnie nie pasuje do charakteru auta. Manual jest pożądany i bardziej popularny. Znaną jego przypadłością jest wypadanie biegów, głównie piątego, ale czasami także pozostałych. W czasie jazdy próbnej warto na każdym przełożeniu kilka razy gwałtownie wcisnąć i odpuścić gaz, by spróbować sprowokować wypadnięcie biegu. Powody wypadania biegów mogą być dwa: zużyte łożyska na wałkach wejściowym i wyjściowym lub sparciałe poduszki mocujące zespół napędowy. Zjawisko najczęściej występuje w autach wyprodukowanych do 1987 r. Nie występuje w wersjach Supercharged, które miały zupełnie inną przekładnię. Automaty, przy całym swoim ospałym charakterze, mają opinię bezproblemowych.

Tylko MR2 ze sprawnym zawieszeniem będzie się prowadziła tak, jak założyli to konstruktorzy. Na forach nie brakuje wątków, których autorzy długo szukają przyczyn "myszkowania" auta po drodze, wymieniając po kolei wszystkie elementy układu jezdnego. Ważną informacją dla nabywców MR2 jest niewymienność elementów tylnego zawieszenia między wersjami Mk 1a i Mk 1b. W standardowym wyposażeniu auta nie występowało wspomaganie kierownicy. Niektórzy użytkownicy próbowali montować wspomaganie elektryczne, ale efekty takich przeróbek bywają różne. Skuteczność hamulców jest wyraźnie lepsza w odmianie Mk 1b, dlatego popularną przeróbką egzemplarzy wcześniejszych jest wymiana układu hamulcowego na taki, który pochodzi z auta po liftingu. Oryginalny układ wydechowy nie jest trwały. Z tego powodu wielu użytkowników zdecydowało się na jego wymianę na zamiennik, często brzmiący lepiej niż seryjny wydech.