Wagon R zadebiutował podczas Tokyo Motor Show w 1993 roku. Pierwsza generacja modelu mierzyła 1640 mm wysokości, czyli była aż o 255 mm wyższa (170 mm w środku) od oferowanego w tym samym czasie na japońskim rynku Suzuki Alto. Co ciekawe, oba auta miały identyczną długość i szerokość – zgodnie z wymogami klasy kei. Pod względem technicznym Wagon R dzielił z Alto ten sam trzycylindrowy silnik F6A o pojemności 660 cm³. Suzuki, podobnie jak wielu innych japońskich producentów, tworzyło całą gamę modeli opartych na tych samych rozwiązaniach technicznych. Różnice między nimi sprowadzały się głównie do nadwozia i – niekiedy – wnętrza. Nie powinno więc dziwić, że aż 70% części Wagon R było wspólnych z Alto.

Debitująca w 1993 roku wersja miała pudełkowaty kształt i asymetryczne nadwozie. Tego typu rozwiązania były kiedyś popularne w segmecie vanów, nawety tych w skali mikro. Dopiero w 1996 do oferty wprowadzono, wersje 5 dzwiiwową. W roku modelowym 1994 Wagon R zdobył tytuł Samochodu Roku przyznawany przez japońską Konferencję Badaczy i Dziennikarzy Motoryzacyjnych. Auto okazało się nieoczekiwanym hitem sprzedażowym – w Japonii sprzedano aż 900 000 egzemplarzy pierwszej generacji, a momentami przewyższało nawet sprzedaż niepokonanej Toyoty Corolli.

We wrześniu 1994 roku zaprezentowano bliźniaczy model pod marką Autozam – AZ Wagon. Również napędzany silnikiem F6A, był dostępny w sieci sprzedaży Autozam należącej do Mazdy. Po kwietniu 1997 roku model sprzedawano już jako Mazda AZ Wagon.

W 1997 roku ofertę rozszerzono o większy wariant – Suzuki Wagon R+, który był produkowany w Japonii z myślą o rynku europejskim aż do końca 2000 roku. Wersja ta miała szersze nadwozie (o około 100 mm) i była wyposażona w czterocylindrowy silnik K10A o pojemności 996 cm³, dostępny również w wersji 1.2-litrowej (K12A). Choć auto „urosło”, nadal pozostawało niewielkie jak na europejskie standardy. Mimo to kryło w sobie zaskakująco przestronne wnętrze. Dokładnie ten sam pomysł zastosował Hyundai w modelu Inster, który jest powiększoną wersją modelu Casper na europejski rynek.

Stylistyka Wagon R+ bez wątpienia zdradzała jego japońskie pochodzenie. Dla miłośników motoryzacji z Kraju Kwitnącej Wiśni była to namiastka JDM-u dostępna na wyciągnięcie ręki. Dziś, jeśli ktoś szuka taniego, funkcjonalnego i nietuzinkowo stylizowanego auta na co dzień, Wagon R+ może być naprawdę ciekawą propozycją.