Z punktu widzenia użytkownika najgorszym problemem Scirocco jest rdza. Chociaż względem pierwszej generacji producent poprawił zabezpieczenie antykorozyjne, to te zabiegi nie okazały się wystarczająco skuteczne. Rdzewieją tylne nadkola, okolice wlewu paliwa, dolne krawędzie drzwi, podszybie, krawędź maski i klapa bagażnika. Parciejące i przepuszczające wodę do wnętrza uszczelki drzwi i tylnej klapy powodują gromadzenie się wilgoci i rozwój trudnej do wykrycia korozji. Zdradliwe może być to, że w wielu egzemplarzach na pierwszy rzut oka rdzy nie widać. Ujawnia się ona dopiero po zdjęciu ozdobnych nakładek z krawędzi błotników, listew progowych lub po inspekcji tylnych nadkoli z wnętrza auta, po złożeniu oparcia kanapy. Po latach mogą pojawić się luzy na zawiasach masywnych drzwi, co powoduje trudności z ich zamykaniem. Plastiki zewnętrzne aut z początku produkcji są wrażliwe na słońce i płowieją. Ze względu na dużą liczbę wersji kolorystycznych wnętrza niezwykle trudne jest znalezienie pasujących elementów tapicerki. Kokpit nie jest zbyt przestronny, zwłaszcza z tyłu, gdzie panuje ciasnota. Z drugiej strony trudno od coupé oczekiwać funkcjonalności rodzinnego kombi. Na pocieszenie użytkownik dostaje stosunkowo pojemny bagażnik o pojemności 346 l. Próby czasu nie wytrzymuje tapicerka, zwłaszcza w przypadku foteli sportowych. Od wsiadania i wysiadania deformują się boczki siedzisk i oparć, a materiał obiciowy w tych miejscach się przeciera. Mechanizmy składania oparć i prowadnice siedzeń łapią luzy, przez co cały fotel kiwa się na boki. Mało estetycznie wyglądają blaknące kratki wentylacyjne. Wiele samochodów ma też popękaną podsufitkę, zwłaszcza w tylnej części dachu. W ogłoszeniach próżno szukać bogato wyposażonych egzemplarzy. Ze względu na wysoką cenę klimatyzacja była bardzo rzadko zamawiana. Jedynymi ekstrawagancjami bywają manualnie sterowany szyberdach oraz elektryczne szyby i lusterka. Druga generacja Scirocco miała niski, jak na owe czasy, współczynnik oporu powietrza Cx=0,38. Względem poprzednika to rezultat lepszy o 10%.