Ci, którzy oględziny BMW E39 rozpoczną od wnętrza, zauważą świetną jakość jego wykonania. Materiały są miękkie i dobrze spasowane. Nawet po wielu latach nie powinny trzeszczeć. Pewnym zgrzytem są w tej sytuacji bardzo łatwo łamiące się plastikowe osłony u podstawy przednich foteli oraz notorycznie psujące się wysuwane uchwyty na kubki. Klasyczną usterką okazują się też niewyraźne wskazania wyświetlaczy radia, klimatyzacji i zespołu wskaźników. Na szczęście można to dość łatwo wyeliminować, bo nie brakuje warsztatów wyspecjalizowanych w naprawie tych elementów. Częstą przypadłością BMW E39 jest awaria systemu poziomowania lamp ksenonowych – najczęściej wystarcza wymiana czujnika. Kluczowym punktem oględzin powinno być sprawdzenie poprawnego działania wszystkich elementów wyposażenia. Dotyczy to zwłaszcza bogatszych wersji. Naprawa elektryki sterowania foteli, napędu tylnej rolety czy niesprawnego systemu multimedialnego może nie będzie bardzo droga, ale może popsuć nieco humoru po zakupie auta. Zapał kupującego mogą też ostudzić próby znalezienia auta bez korozji. Typowe rdzewiejące miejsca, niezależnie od wersji nadwoziowej, to progi w ich tylnej części i klapy bagażnika. Oprócz tego rdza często rozwija się na maskach, zwłaszcza w autach eksploatowanych na autostradach i mających odpryski od kamieni. Nieco rzadziej można ją znaleźć na dolnych krawędziach drzwi. Prawdziwą plagą są auta powypadkowe. BMW E39 nietknięte ręką blacharza zdarzają się rzadko. Sam fakt znalezienia takiego egzemplarza może być mocnym argumentem za jego zakupem, nawet jeśli wymaga on napraw mechanicznych.

Rynek jest zdominowany przez auta napędzane sześciocylindrowymi silnikami benzynowymi, nierzadko z instalacją LPG. Te z rodzin M52 i M54 mają bardzo dobrą opinię i prawidłowo serwisowane potrafią bez dużych usterek przekroczyć przebieg 500 tys. km. W ogłoszeniach najwięcej jest wersji 520i. Przed liftingiem mają 150 KM, po modernizacji o 20 KM więcej. Na drodze nie zapewnią jednak żadnych emocji, a zużyją praktycznie tyle samo paliwa co mocniejsze 528i lub 530i. To właśnie te dwie odmiany stanowią najlepszy kompromis osiągów, zużycia paliwa i kosztów eksploatacji. W cyklu mieszanym zużyją poniżej 10 l/100 km, zapewniając przy tym sprint do "setki" w ok. 8 sekund. Ważne jest, by pilnować w nich stanu oleju, bo zwłaszcza przy dynamicznej jeździe trochę go zużywają. Aksamitnie pracujące V8, zwłaszcza w odmianie 540i, to doskonały pożeracz autostradowych kilometrów, ale jego eksploatacja może zrujnować niejedną kieszeń. Do "zestawu startowego" po zakupie silnika M62 bardzo często trzeba będzie doliczyć koszt wymiany rozrządu, regeneracji lub wymiany układu VANOS oraz gruntownego przeglądu układu chłodzenia (z profilaktyczną wymianą gumowych węży, termostatu oraz zbiorniczka wyrównawczego włącznie). Do tego doliczyć trzeba obowiązkową wymianę separatora oleju. Jeżeli sprzedający ma dokumenty na to, że czynności te przeprowadził wcześniej, może zostać nam w kieszeni nawet kilkanaście tysięcy złotych. BMW E39 słynie ze świetnych motorów wysokoprężnych. Nic dziwnego, bo silniki z rodziny M57 (525d i 530d) są uważane za jedne z najlepszych montowanych w autach osobowych w ostatnich 20 latach. Dzielnie znoszą duże przebiegi, chociaż wymagają odpowiedniej troski. Zdarzają się awarie klapek w kolektorze ssącym. Zgodnie ze sztuką należy go wymienić, chociaż popularny jest także montaż odpowiednich zaślepek. Do popularnych awarii należą usterki koła pasowego wału korbowego. Osprzęt sprawia problemy dopiero po przekroczeniu 300 tys. km. Wersja 525tds nie jest tak zła, jak wskazują na to obiegowe opinie. Warte uwagi auta z tym silnikiem praktycznie zniknęły z rynku i jest to najrzadziej spotykana dziś odmiana BMW E39. Przekładnie automatyczne produkcji GM, montowane głównie w 530d, pracują na granicy swojej wytrzymałości, przez co nie znoszą chiptuningu. Podniesienie mocy silnika prawie zawsze kończy się awarią skrzyni. Automaty produkcji ZF mają opinię trwalszych. W skrzyniach manualnych często wyrabia się tulejka odpowiedzialna za precyzję pracy lewarka. Jeżeli jest on luźny i trudno trafić w odpowiedni bieg, należy liczyć się z koniecznością demontażu przekładni.

Na miano najlepiej prowadzącej się limuzyny swojego segmentu zasługuje wyłącznie egzemplarz z całkowicie sprawnym układem jezdnym. BMW E39 jest bardzo wrażliwe na jakiekolwiek luzy w zawieszeniu. Nawet elementy o minimalnym stopniu zużycia mogą dać efekt drgań na kierownicy. Świecące się kontrolki układów ABS i ASC w zespole wskaźników najpewniej dają znać o uszkodzonej lince przepustnicy lub naruszeniu sterownika pompy ABS. Czasami psują się też czujniki przy kołach. W każdym przypadku winowajcę ustali diagnostyka komputerowa. Układy wydechowe są trwałe, czego nie można powiedzieć o łącznikach elastycznych wału napędowego. Stuki w układzie przeniesienia napędu mogą też oznaczać konieczność wymiany podpory wału.